マイナポータル医療費通知のダウンロード要否と形式の違い・連携の概要

マイナポータルの医療費通知は、支出の照合にはCSV、目視確認や控えにはPDFを使い、確定申告書等作成コーナーで申告する場合は原則としてマイナポータル連携で取得します。CSVやPDFを保存しただけでは、申告用の医療費通知情報を取得した扱いにはなりません。

この記事では、CSV・PDFの保存の流れ、連携取得後の照合、更新日、家族分と領収書の保存要否を整理します。個々の支出の控除判定、還付額の試算、端末別のボタン位置、認証エラーごとの復旧操作は対象外です。編集部はデジタル庁・国税庁の公開情報に基づき、中立にまとめています。

• 申告・集計・控えに合う取得方法を選ぶ
• CSV・PDFを保存する流れを確認する
• 申告への取り込みと差額の照合を進める
• 表示されない診療月と更新日を確認する
• 領収書を保存する分・保存不要の分を分ける

デジタル庁のXML取得案内では、国税庁の申告手続きと連携して取得する方法が示されています。（出典: デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報データ（XMLファイル）の取得方法を教えてください。」、2026年11月参照）

ダウンロードするかは「申告・集計・控え」で決める

作成コーナーで申告するなら、最初にXMLファイルを探す必要は原則ありません。国税庁によると、マイナポータル連携で取得した医療費通知情報は、確定申告書の該当項目に自動入力できます。（出典: 国税庁「マイナポータル連携を利用した医療費控除の入力について」、2026年11月参照）

目的	選ぶ方法	取得後にすること
作成コーナーで申告する	マイナポータル連携	取り込まれた対象者・年分・金額を確認する
表計算ソフトで支出を整理する	CSV	領収書と照合し、通知にない支出を別に整理する
受診先や金額を目視で確認する	PDF・画面印刷	必要な期間が含まれるか確認する
税理士へ資料を渡す	受け取り側が指定する方法	必要な形式、家族分、補てん額の資料、送付方法を先に確認する

手動保存したXMLを求められた場合

税理士への受け渡しは、申告を依頼する税理士に取得・共有方法を確認する範囲で進めてください。申告中の連携取得と、端末に保存したファイルの受け渡しは別の作業です。本記事では、単体XMLの手動取得経路は扱いません。

XML・CSV・PDFは「原本」と「集計資料」を分けて考える

デジタル庁のFAQによると、マイナポータルのWEB画面やPDFを印刷したものは、申告用の医療費通知情報の原本として使用できません。見やすい一覧があることと、所定の申告用データを利用していることは別です。（出典: デジタル庁 マイナポータル「WEB画面もしくはPDFを印刷した医療費通知情報」に関するFAQ、2026年11月参照）

形式	役割	申告時の扱い
申告用XML	対応する申告システムで利用するデータ	所定の方法で取り込んで利用する
CSV	並べ替え・集計・領収書との照合	CSV自体を医療費通知の原本として提出するものではない
PDF・画面印刷	内容確認や家庭内の控え	正式な医療費通知の代わりとして添付しない

CSVは照合・集計用。連携を使わない場合は領収書等から明細書を作成する

CSVは、受診先や月別の金額を並べて領収書と照合するために使います。連携や対応XMLを使わずに申告する場合は、領収書等に基づいて医療費控除の明細書を作成します。国税庁「No.1119」では、明細書の添付と、その記載根拠となる領収書の保存について案内しています。（出典: 国税庁「No.1119 医療費控除に関する手続」、2026年11月参照）

大量の領収書を整理する場合は、国税庁の「医療費集計フォーム」も選択肢です。これはマイナポータルのCSVとは別の入力用様式で、入力・保存したデータを作成コーナーの医療費控除の入力画面に読み込めます。（出典: 国税庁「医療費控除を受ける方へ」、2026年11月参照）

取得する前に確認したい入口・対象期間・保存結果

内容確認とCSV・PDFの取得は、マイナポータルの医療費画面から進めます。申告用XMLの連携取得は、国税庁の申告手続きから進める別の経路です。（出典: デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報に関する操作マニュアル」、デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報データ（XMLファイル）の取得方法を教えてください。」、2026年11月参照）

CSV・PDFを取得する共通の流れ

• 医療費を開く：マイナポータルにログインし、医療費の画面を開く
• 期間を指定する：確認したい対象期間を指定して情報を取得し、表示された診療月・受診先・金額を確認する
• 出力を選ぶ：医療費通知情報のダウンロード操作に進み、集計用ならCSV、一覧の控えならPDFを選ぶ
• 保存する：選択した形式をダウンロードし、端末側で保存の確認画面が出た場合は保存を完了する
• 保存結果を見る：ダウンロード履歴や保存先でファイルを開き、指定した期間の情報が含まれるか照合する

期間指定・情報取得・ファイル出力の操作は、次の公式マニュアルの画面と照合してください。端末によって保存先や表示位置が異なるため、画面上の取得完了だけでなく、保存したファイルも確認します。（出典: デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報に関する操作マニュアル」、2026年11月参照）

取得後の状態	次にすること
必要な期間と受診先がある	CSVなら領収書との照合へ、PDFなら控えとして保管する
指定した期間が違う	医療費画面へ戻り、期間を指定し直す
特定の受診分だけない	更新日と未反映時の確認先へ進む
保存先に見当たらない	端末・ブラウザのダウンロード履歴と保存先を確認する

閲覧対象は2021年9月診療分以降として案内されています。それ以前の支出の確認を目的に、期間指定を繰り返さないようにしてください。（出典: デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報ではどのような情報が閲覧できますか」、2026年11月参照）

確定申告では、連携した後の「差分確認」まで進める

国税庁によると、マイナポータル連携では保険診療分の医療費通知情報を取得できますが、はり・きゅう等の施術費用や整骨院・接骨院の柔道整復療養費など、取得できない情報もあります。自動入力後も、通知外の支出と実際の負担額の照合が残ります。（出典: 国税庁「マイナポータル連携を利用した医療費控除の入力について」、2026年11月参照）

事前準備から入力結果の確認まで

• 準備：マイナポータルの利用者登録を行い、家族分を取得する場合は代理人登録を済ませる
• 申告開始：国税庁「確定申告書等作成コーナー」で申告する年分を選び、マイナポータル連携を利用する
• 取得：認証して医療費通知情報を取得する
• 照合：申告画面で対象者・年分・受診先・金額を確認する
• 追加・修正：通知にない支出、実際の支払額との差、補てんされる金額を整理して入力する

利用者登録・家族分の代理人登録・作成コーナーからの申告という流れは、国税庁の連携案内に基づきます。令和7年分の操作資料を2026年分の画面配置として扱わず、申告対象年分を確認して進めてください。（出典: 国税庁「医療費控除のマイナポータル連携について」、2026年11月参照）

「表示されない」と「表示額が違う」を分ける

照合結果	確認する資料・内容	次の対応
受診した記録自体がない	診療月、更新日、通知の対象範囲	未反映の確認へ進む
記録はあるが領収書と金額が違う	同じ人・診療月・医療機関の領収書か、保険外費用や助成がないか	通知額をそのまま採用せず、実際の負担額と差額の理由を確認する
高額療養費・保険金等の補てんがある	支給決定通知等と、補てんの対象となった医療費	該当する医療費について補てん額の入力を確認する
通知にない交通費・市販薬等がある	通院記録、購入目的、領収書	控除要件を満たすものだけ別途入力する

通知額と実際の支払額の差は、端数処理や公費負担・自治体の助成などを分けて調べます。領収書の内訳は医療機関・薬局、助成の内容は支給元で確認し、申告には実際に負担した金額を反映します。通知額を修正する場合は、差額を説明する領収書等を残してください。（出典: 国税庁「医療費控除に関する手続について（Q&A）」、2026年11月参照）

通知にない支出は、控除対象かを別に判断する

通知に含まれない費用の確認と、税務上の控除判定は別の作業です。通院交通費、治療目的の市販薬、保険外の治療費などは、支払目的や控除要件を確認してから追加します。「通知にないから対象外」「通知にない費用はすべて追加できる」のどちらでもありません。（出典: デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報に含まれない費用に関するFAQ」、国税庁「医療費控除に関する手続について（Q&A）」、2026年11月参照）

毎月の更新と年間XMLの提供日は違う

デジタル庁によると、医療費通知情報は毎月11日に前々月診療分が更新されます。申告用の年間XMLは、例年、原則2月9日に申告年分の1月から12月分までが一括取得可能になります。（出典: デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報の更新日について教えてください。」、2026年11月参照）

確認する情報	公式の原則を当てはめた例	見分け方
毎月の閲覧情報	2026年9月診療分→2026年11月11日更新	2026年11月7日時点では更新予定日前
申告用の年間XML	2026年1～12月分→原則2027年2月9日取得可能	年の途中の閲覧情報とは別に準備する

上記は「診療月の2か月後の11日」「翌年の原則2月9日」に当てはめた例で、個別の受診情報の反映や各年の提供日を保証するものではありません。（出典: デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報の更新日について教えてください。」、2026年11月参照）

更新予定を過ぎても表示されない場合

公的医療保険に係る窓口負担なのに通知に含まれない場合、デジタル庁は該当の医療機関への問い合わせを案内しています。通知は診療・調剤報酬明細書から抽出されるため、ファイル形式を変えても欠けている受診情報が増えるわけではありません。（出典: デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報の更新日について教えてください。」、2026年11月参照）

家族分は「代理取得」と「誰が支払ったか」を分けて確認する

国税庁は、申告者が自己または生計を一にする配偶者その他の親族のために支払った医療費を、医療費控除の対象として案内しています。家族の通知を取得できることだけで、その金額を自分の控除へ合算できるわけではありません。（出典: 国税庁「医療費控除の適用要件に関する案内」、2026年11月参照）

確認事項	確認する理由
代理人登録	家族の医療費情報を連携取得するため
生計を一にする親族か	控除対象となる関係を確認するため
実際の支払者	その医療費を誰が申告するか判断するため
補てん額	受診した人ごと・対象の医療費ごとに照合するため

代理関係は申告前に準備する

国税庁の連携案内によると、家族分を取得するには事前の代理人登録が必要です。家族本人もマイナポータルの利用者登録を行い、代理人登録に必要なマイナンバーカードを用意します。国税庁「医療費控除を受ける方へ」の「マイナポータルにおける代理人の設定方法」から準備を進めてください。（出典: 国税庁「医療費控除のマイナポータル連携について」、2026年11月参照）

XMLが開けない・保存したファイルが見つからない場合

申告用XMLは、通常の文書として読むことではなく、対応する申告手続きでの利用を目的としたデータです。内容の確認なら医療費の閲覧画面、申告なら連携取得というように、目的を分けてください。（出典: デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報データ（XMLファイル）の取得方法を教えてください。」、2026年11月参照）

困っている段階	次にすること	避けたい操作
XMLを開いても読めない	内容確認なら医療費画面、申告なら対応する連携手続きへ進む	拡張子変更やデータの編集
保存したファイルが見つからない	ダウンロード履歴と端末の保存先を確認する	取得済みか分からないまま何度も保存する
申告画面に医療費がない	対象年分・本人や家族の選択・取得結果を確認する	連携済みか不明なまま合計額を追加する
認証・取得の途中で止まった	停止した画面、表示文言、発生日時を控える	原因を決めつけて暗証番号や申告データを変更する

申告側の取得操作で解決しない場合

国税庁「マイナポータル連携を利用した医療費控除の入力について」には、ページ下部に「操作に関するお問い合わせ」のヘルプデスクと、「税務相談等に関するお問い合わせ」の案内があります。申告側の取得・入力操作は前者、控除の税務判断は後者を選びます。マイナポータルへのログイン自体の不具合とは分けて伝えてください。（出典: 国税庁「マイナポータル連携を利用した医療費控除の入力について」、2026年11月参照）

領収書とデータは、申告に使った方法ごとに整理する

マイナポータル連携や対応XMLを所定の方法で利用して適切に申告した通知記載分は、対応する医療費の領収書を保存する必要はありません。一方、通知にない費用を領収書から追加した分や、領収書に基づいて修正した分は分けて保存します。国税庁「No.1119」と関連Q&Aでは、医療費通知を利用した場合と領収書に基づいて明細書を作成した場合の扱いを区別しています。（出典: 国税庁「No.1119 医療費控除に関する手続」、国税庁「医療費控除に関する手続について（Q&A）」、2026年11月参照）

申告に使った方法	領収書の扱い
連携・対応XMLを所定の方法で利用した通知記載分	対応する領収書の保存は不要
領収書から明細書へ追加した分	原則として確定申告期限等から5年間保存
通知額を領収書に基づいて修正した分	修正の根拠となる領収書等を保存
CSV・PDF・画面印刷だけを使って確認した分	その保存だけでは領収書の保存不要の扱いにならない

保存期間や通知を利用した場合の条件は、国税庁の手続案内に基づきます。通知記載分と追加・修正分が混在する場合は、申告内容と対応づけて整理してください。（出典: 国税庁「No.1119 医療費控除に関する手続」、国税庁「医療費控除に関する手続について（Q&A）」、2026年11月参照）

迷ったときは、申告用と確認用を分けて進める

• 申告する人は、作成コーナーからマイナポータル連携を利用する
• ダウンロードしたい人は、医療費画面で期間と形式を選び、保存後の内容まで確認する
• CSVは照合・集計用、PDFは確認用として扱う
• 通知にない支出と、通知額との差額は別々に調べる
• 家族分は代理取得の準備と実際の支払者の確認を分ける
• 領収書は、通知を利用した分と追加・修正した分で整理する

年間XMLは例年、原則翌年2月9日に取得可能となる案内です。2026年分は原則2027年2月9日という見通しで準備し、毎月の閲覧情報とは分けて扱ってください。（出典: デジタル庁 マイナポータル「医療費通知情報の更新日について教えてください。」、2026年11月参照）

マイナポータルを使った他の公的通知の確認については、マイナポータルでの育休手当確認手順も参照してください。