年末調整の控除証明書をマイナポータル連携で取得する手順と、取得できないときの確認先

控除証明書は、発行設定とマイナポータル連携を済ませて取得し、勤務先の受付方法に合わせて提出します。

勤務先が電子データの直接提出に対応していない場合でも、対応データをQRコード付証明書に変換して印刷できる場合があります。「取得できるか」と「どう提出するか」を分けて確認すると、準備のやり直しを減らせます。

編集部が国税庁・デジタル庁などの公開情報をもとに整理しています。両機関による監修ではありません。参照時点は2026年10月2日です。画面や受付条件は変更されることがあるため、本文の操作案内と勤務先の案内を照合して進めてください。

年末調整のマイナポータル連携は勤務先の対応確認から始める

最初に確認するのは、使用ソフト、受付形式、社内締切です。勤務先が非対応の場合、電子データをそのまま提出できないことがあります。対応データはQRコード付証明書として印刷できる場合があるため、取得したデータが無駄になるとは限りません。

勤務先・発行主体・本人の準備を分けて確認する

国税庁の電子化案内では、年調ソフトで控除証明書データを取得し、控除申告書データを作成して勤務先へ提出する流れが示されています。勤務先端末の通信制限やデータ持込みのルールも、利用方法に関係します。（出典: 国税庁「年末調整手続の電子化・導入時セキュリティの案内」、2026年10月参照）

確認項目	担当者への聞き方
使用ソフト	国税庁の年調ソフトと勤務先のシステムのどちらを使いますか。
連携機能	ソフトからマイナポータル連携で取得できますか。
受付形式	控除申告書データと証明書データを、どの形式で提出しますか。
紙での提出	QRコード付証明書の印刷物を提出できますか。
期限と提出先	社内締切、提出先、受付を確認する方法を教えてください。

取得と提出は別の作業

証明書の取得後には、申告書への取込、内容確認、勤務先への提出が残ります。次の表を証明書ごとに埋めると、未提出のまま終わることを防ぎやすくなります。

証明書	取得	取込	提出	受付確認
生命保険料	□	□	□	□
地震保険料	□	□	□	□
掛金・社会保険料など	□	□	□	□

マイナポータル連携で取得できる控除証明書を確認する

控除の名前だけでなく、証明書の発行主体と対象年を確認します。契約商品の販売窓口と、控除証明書を発行する組織が同じとは限りません。

国税庁の「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」で、証明書の種類と発行主体を照合してください。保険会社名や金融機関名が分かる場合は、ページ内検索を使うと探しやすくなります。（出典: 国税庁「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」、2026年10月参照）

証明書・情報	確認する相手	見分けるポイント
生命保険料・地震保険料	証明書を発行する保険会社	契約の電子交付設定と対象年
国民年金保険料	日本年金機構	保険会社の送達経路と混同せず、対象の発行主体を選ぶ
iDeCo掛金	国民年金基金連合会	運営管理機関ではなく、掛金払込証明書の発行主体を確認する
小規模企業共済掛金	証明書の発行主体	iDeCoとは別の証明書として選ぶ
住宅ローン控除関係	勤務先・税務署・借入先	適用年と手続方式を先に確認する

iDeCo・国民年金は発行主体を選んで準備する

iDeCoについて「運営管理機関ごとにマイナポータル連携の対応が異なる」と一括りにするのは適切ではありません。掛金払込証明書は国民年金基金連合会、国民年金保険料の控除証明書は日本年金機構を発行主体として確認します。具体的な発行設定は、後述する「取得したい証明書等」の選択後、該当する発行サイトへ進んで行います。

住宅ローン控除は初年度と継続年で扱いが違う

住宅ローン控除は、初年度は原則として確定申告が必要で、給与所得者の年末調整で扱うのは原則としてその翌年以降です。また、証明書方式か調書方式かによって扱う情報が異なるため、保険料控除と同じ取得手順で済むとは考えず、勤務先の住宅ローン控除の案内と照合してください。（出典: 国税庁「マイナポータルと連携した年末調整手続」、2026年10月参照）

保険会社・民間送達サービス・マイナポータルの連携の仕組み

保険会社などの証明書では、「発行主体との登録」と「マイナポータルとの連携」が別の設定になっています。どちらか一方だけ完了しても、取得できない場合があります。

• 発行主体：対象契約の控除証明書データを交付する
• 民間送達サービス：発行主体から届くデータを受け取る
• マイナポータル：連携したサービスを通じてデータを取得する
• 年調ソフト等：取得データを申告書作成に利用する

国税庁の質問集によると、民間送達サービスのアカウント開設に加え、保険会社等のサイトで証券番号などを入力し、マイナンバーカードを使ってデータが届くように登録します。具体的な登録方法は保険会社等や送達サービスによって異なります。（出典: 国税庁「マイナポータルを活用した年末調整手続に関する質問」、2026年10月参照）

MyPostを使っていた場合は旧設定のまま進めない

MyPost終了に伴う移行については、デジタル庁の公式お知らせを確認します。かんぽ生命など、MyPost経由で受け取っていた証明書は、e-私書箱への移行案内と対象発行主体を照合してください。前年に取得できたことだけを理由に、設定済みと判断しないようにします。（出典: デジタル庁「民間送達サービスの移行に関するお知らせ」、2026年10月参照）

操作時には、次節の「連携状況リスト」でアカウント連携と証明書の発行設定を別々に確認します。新しい送達先との連携が完了していても、対象契約の発行設定が未完了なら、その登録を進めます。

連携前に準備するものと事前設定

カード認証の準備と、証明書の発行準備を分けて揃えます。契約先にログインできるだけでは、控除証明書の電子交付設定が済んでいるとは限りません。

• □ マイナンバーカードと、認証画面で求められる暗証番号
• □ カードを読み取れる端末・環境
• □ 契約先のログイン情報、証券番号など登録に必要な情報
• □ 勤務先が指定するソフトと提出期限
• □ 取得したい証明書の種類・発行主体・対象年

準備の入口は、マイナポータルにログインした後の「年末調整」メニューです。「事前準備をはじめる」を押して進めます。すでに連携状況リストまで進んだことがある場合は、「証明書等を追加」の表示になります。（出典: デジタル庁・マイナポータル「年末調整の事前準備」、2026年10月参照）

証明書	発行主体	アカウント連携	発行設定	対象年
生命保険料	記入	□	□	記入
地震保険料	記入	□	□	記入
年金・掛金など	記入	□	□	記入

控除証明書を取得して勤務先に提出する手順

マイナポータルで発行設定まで進める

操作	確認する画面・結果	次の行動
ログイン後に「年末調整」を押す	年末調整の事前準備画面	「事前準備をはじめる」を押す
取得したい証明書等にチェックする	「発行元を選択」「発行元を追加」がある証明書	発行サイトを選び「OK」、選択を確認して「次へ」
連携状況リストを見る	「未完了」がある	該当する「連携」を押す
ステップ①「アカウントを連携する」を見る	「未完了」	「連携」を押し、外部サイトとの連携を行う
ステップ①が「完了」になったらステップ②へ進む	「連携」または「登録」ボタン	外部サイトで控除証明書等の発行設定をする
発行設定後に状態を見る	証明書の状態が「処理中」または「完了」	処理中なら完了扱いにせず、取得できる状態を確認する

この画面の操作と表示は、マイナポータルの公式操作案内に基づきます。ステップ①と②を完了した後に「次へ」で戻ります。（出典: デジタル庁・マイナポータル「年末調整の事前準備」、2026年10月参照）

ステップ②は単なるサービス連携ではありません。国税庁が案内する証券番号等の登録は、発行主体から送達サービスへ証明書を届けるための設定です。契約が複数ある場合は、取得したい契約の登録が揃っているか確認します。（出典: 国税庁「マイナポータルを活用した年末調整手続に関する質問」、2026年10月参照）

国税庁の年調ソフトで取得・申告書作成へ進む代表例

• 事前準備を終えたら、勤務先が指定した年調ソフトで控除申告書の作成に進む。
• マイナポータル連携による控除証明書等データの取得を行う。
• 取り込まれた対象年、氏名、保険料・掛金の区分を確認する。
• 残る申告事項を入力し、控除申告書データを作成する。
• 勤務先が指定する経路で申告書データ等を提出する。

国税庁の電子化案内では、「データ取得→控除申告書データ作成→勤務先への提出→給与システムへの取込」が別工程として示されています。取得操作だけで勤務先への提出は完了しません。（出典: 国税庁「年末調整手続の電子化・導入時セキュリティの案内」、2026年10月参照）

家族分の控除証明書を取得する場合の条件

家族分の代理取得と、自分の控除対象にできるかの判断は別です。家族名義の証明書を、自分の証明書として登録し直す方法ではありません。

国税庁の質問集では、家族分を含むマイナポータル連携の扱いが案内されています。本人分と混同せず、代理取得の対象・必要な設定を確認してから進めます。（出典: 国税庁「マイナポータルを活用した年末調整手続について（よくある質問）」、2026年10月参照）

• 証明書の名義人と、実際に保険料・掛金を負担した人を整理する。
• 家族本人側の電子交付・発行設定が済んでいるか確認する。
• 代理取得する証明書の範囲を本人と確認する。
• 取得した家族分を申告に使えるかは、支払状況などを勤務先へ伝えて確認する。

控除証明書が取得できない・反映されない場合の確認先

「送達サービスに届いていない」と「届いているがマイナポータルから取得できない」を分けます。同じ「表示されない」でも、見直す設定が違います。

状態	確認する場所	次の行動
発行主体が選択肢に見当たらない	国税庁の発行主体一覧	証明書の発行主体名と種類を照合する
民間送達サービス内に未着	発行主体側の電子交付、証券番号等の登録、送達先との紐付け	事前準備のステップ②を確認し、発行設定を進める
送達サービスにはあるがマイナポータルで取得できない	マイナポータルと送達サービス間のアカウント連携	ステップ①の状態を確認し、未完了なら連携する
証明書の状態が「処理中」	連携状況リストと発行主体側の状態	完了扱いにせず、締切が近ければ勤務先へ相談する
取得できたが勤務先システムに取り込めない	勤務先の受付形式と使用ソフト	担当者に取込方法または紙提出の可否を確認する

アカウント連携と発行設定の区別、「未完了」「処理中」「完了」の表示は、公式の事前準備案内に沿った切り分けです。（出典: デジタル庁・マイナポータル「年末調整の事前準備」、2026年10月参照）

問い合わせ前に記録する内容

• 止まった画面と、表示された文言
• 証明書の種類、発行主体、対象年
• ステップ①と②のそれぞれの状態
• 送達サービス内に証明書があるか
• 勤務先の提出期限

交付や反映までの時間は、一律の日数で判断しないでください。提出期限が近い場合は、設定の調査と並行して勤務先へ代替提出の扱いを相談します。

勤務先が電子データに非対応の場合の提出方法と最終チェック

電子データの直接提出ができない場合は、対応データをQRコード付証明書に変換する方法があります。データの文字列や取得画面をそのまま印刷する方法とは異なります。

電子ファイルを読み込んで印刷する流れ

SOMPOひまわり生命の公式案内によると、同社の電子的控除証明書はそのまま印刷しても生命保険料控除証明書として利用できません。電子ファイルをダウンロードし、国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」にアップロードして、QRコード付控除証明書のPDFへ変換・印刷します。（出典: SOMPOひまわり生命「控除証明書（電子ファイル）をそのまま印刷して利用したいが、数字や文字が羅列されている」、2026年10月参照）

• 発行主体から交付された電子ファイルを保存する。
• 発行主体の案内にある「QRコード付証明書等作成システム」へのリンクから進む。
• 対応する電子ファイルを読み込ませ、QRコード付証明書のPDFを作成する。
• PDFの氏名・対象年・証明書の内容を確認して印刷する。
• 勤務先が指定する申告書と提出方法に合わせて提出する。

提出方法	選ぶ条件	最後に確認すること
連携取得したデータで提出	勤務先のシステムが対応している	取込結果と受付状況
QRコード付証明書を印刷	対応データがあり、勤務先が紙提出を受け付ける	変換結果と印刷内容
発行主体の紙の証明書	電子取得・変換が難しい	対象年と提出期限

提出前の最終チェック

• □ 対象年、氏名、証明書の種類が合っている
• □ 同じ証明書を重複して入力・取込していない
• □ 家族分は控除対象として扱えるか確認した
• □ 指定された方法で提出し、受付状況を確認した

よくある質問

何から始めればよいですか？

勤務先に使用ソフト、電子データの受付形式、紙提出の可否、締切を確認します。その後、マイナポータルの「年末調整」から事前準備へ進みます。（出典: デジタル庁・マイナポータル「年末調整の事前準備」、2026年10月参照）

連携が「完了」なら証明書も取得できますか？

アカウント連携の完了と、証明書の発行設定の完了は別です。ステップ①だけでなく、ステップ②と証明書の状態を確認してください。

勤務先が電子データに対応していないと、取得データは使えませんか？

直接提出できない場合がありますが、対応データならQRコード付証明書として印刷できる場合があります。紙提出の受付方法を勤務先に確認します。

家族分を取得できれば自分の控除に使えますか？

取得できることだけでは判断できません。名義、支払者、控除の条件を分けて確認します。

参照した公式資料

操作や条件の根拠として、以下の資料を参照しています。（出典: 国税庁「マイナポータルと連携した年末調整手続」、2026年10月参照）

• 国税庁「マイナポータルと連携した年末調整手続」
• 国税庁「マイナポータルを活用した年末調整手続に関する質問」
• 国税庁「マイナポータルを活用した年末調整手続について（よくある質問）」
• 国税庁「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」
• 国税庁「年末調整手続の電子化・導入時セキュリティの案内」
• デジタル庁・マイナポータル「年末調整の事前準備」
• デジタル庁「民間送達サービスの移行に関するお知らせ」
• デジタル庁「確定申告・年末調整におけるマイナポータル連携のはじめかた」
• SOMPOひまわり生命「控除証明書（電子ファイル）をそのまま印刷して利用したいが、数字や文字が羅列されている」

参照日：2026年10月2日。本記事は連携の準備・操作・確認先の案内であり、個別の控除適用や税務相談に代わるものではありません。判断に迷う点は、勤務先の担当者または税務署へ確認してください。